Nextstrain: una herramienta que analiza la epidemiología molecular del SARS-CoV-2

Sebastián Iglesias-Osores, Miguel Alcántara-Mimbela, Zhandra Arce-Gil, Lizbeth M. Córdova-Rojas, Elmer López-López, Arturo Rafael-Heredia

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Resumen

La preocupación mundial por el nuevo coronavirus (2019-nCoV), como una amenaza global para la salud pública, fue el motor para que los análisis filogenéticos sufrieran un crecimiento exponencial. El objetivo de esta revisión fue describir el modo de funcionamiento y las bondades de la herramienta Nextstrain, así como el secuenciamiento del virus SARS-CoV-2 en el mundo. Se uso la interfaz de la página de Nextstrain para mostrar sus funcionalidades y los modos de visualización de datos, y se descargaron estos de la web GISAID para mostrar la cantidad de secuenciamientos del SARS-CoV-2 hasta la fecha. Nextstrain es un proyecto de código abierto creado por biólogos bioinformáticos, para aprovechar el potencial científico y de salud pública de los datos de genomas de patógenos. Nextstrain consiste en un conjunto de herramientas que toman secuencias sin procesar (en formato FASTA). Nextstrain realiza una alineación de secuencia de los datos de entrada en alineación de secuencia múltiple basada en la transformación rápida de Fourier. Se basa en el uso de dos softwares: Augur y Auspice. Nextstrain es una herramienta eficaz para mostrar datos epidemiológicos de manera simple para un público no especializado. Puede ser usado en la salud pública, ya que muestra datos en tiempo real de las epidemias y su distribución geográfica. Se puede usar para dar seguimiento a los brotes como es el caso del COVID-19.

Palabras clave: Filogenética; SARS-CoV-2; COVID-19; Nexstrain; epidemiología.



Copyright (c) 2021 Sebastián Iglesias-Osores, Miguel Alcántara-Mimbela, Zhandra Arce-Gil, Lizbeth M. Córdova-Rojas, Elmer López-López, Arturo Rafael-Heredia

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